a) Jedinica za osiguranje i unapređenje kvalitete zdravstvene zaštite

a) Odjel za provedbu nadzora nad zaraznim bolestima
b) Odjel za cijepljenje i prevenciju zdravlja putnika
c) Odjel za operativnu epidemiologiju
d) Odjel za deratizaciju, dezinsekciju i dezinfekciju

a) Odjel za aerobnu i anaerobnu dijagnostiku
-Laboratorij za dijagnostiku kliničkog materijala
-Laboratorij za molekularnu dijagnostiku
-Laboratorij za aerobnu i anaerobnu dijagnostiku
b) Odjel za dijagnostiku crijevnih, parazitarnih i gljivičnih infekcija
-Laboratorij za dijagnostiku crijevnih infekcija
-Laboratorij za dijagnostiku parazitarnih infekcija
-Laboratorij za dijagnostiku gljivičnih infekcija
c) Odjel za dijagnostiku tuberkuloze
- Laboratorij za nasađivanje materijala
- Laboratorij za mikroskopiranje dijagnostičkog materijala
d) Odjel za serološko-imunološku dijagnostiku
-Laboratorij za potvrdne testove
-Laboratorij za serološku dijagnostiku virusnih, parazitarnih i bakterijskih infekcija
-Laboratorij za imunofluorescentnu dijagnostiku
e) Odjel za dijagnostiku genito-urinarnih infekcija
- Laboratorij za dijagnostiku urinarnih infekcija
- Laboratorij za dijagnostiku genitouretralnih infekcija
f) Odjel za pripremu podloga i sterilizaciju
-Laboratorij za pripremu i kontrolu podloga
-Laboratorij za kontrolu sterilnosti
-Jedinica za centralnu praonu i sterilizaciju

a) Odjel za zaštitu i unapređenje okoliša koji čine:
-Laboratorij za ispitivanje pitkih i površinskih voda
-Laboratorij za mikrobiologiju voda i biološka ispitivanja voda
-Laboratorij za ispitivanje otpadnih voda i otpada
-Laboratorij za ispitivanje kvalitete zraka
-Laboratorij za akustička mjerenja
-Laboratorij za uzorkovanja i terenska mjerenja
-Laboratorij za instrumentalnu analitiku
b) Odjel za kontrolu hrane i predmeta opće uporabe
-Laboratorij za mikrobiologiju hrane i predmeta opće uporabe
-Laboratorij za kemiju hrane i predmeta opće uporabe
-Laboratorij za instrumentalnu analitiku
-Laboratorij za higijensko - sanitarni nadzor i uzorkovanje

a) Odjel za promociju zdravih stilova života
b) Odjel za rano otkrivanje bolesti
c) Odjel za zdravstvenu statistiku, analize i planove za zdravlje

a) Odjel za opće i kadrovske poslove
b) Odjel za računovodstvo i financije
c) Odjel za tehničke poslove
d) Odjel za nabavu
e) Odjel za pravne poslove